También existen procesadores que comercializan solamente aceites especiales los cuales son obtenidos únicamente a través del prensado mecánico. Sin embargo, la gran mayoría de los aceites vendidos a los procesadores de alimentos y a nivel de consumidores son totalmente refinados, esto significa que han sido procesados para remover la mayoría de las impurezas o materiales no triglicéridos.

Desgomado

- El primer paso en el proceso del refinamiento de muchos aceites es el desgomado. Los aceites son desgomados mezclándolos con agua para hidratar a los fosfátidos, los que luego son removidos por centrifugación. El desgomado se puede mejorar agregando ácido cítrico o fosfórico o sílicagel. El desgomado remueve sustancias emulsivas muy valiosas tales como la lecitina. Los aceites de semilla algodón no son desgomados, pero este proceso es necesario para aceites como los de canola y soja.

Refinación Alcalina

- El aceite desgomado es luego tratado con un álcali para remover los ácidos grasos libres, glicerol, carbohidratos, resinas, metales y proteína animal. El aceite y el álcali son mezclados, permitiendo que los ácidos grasos libres y el álcali formen un jabón. Más tarde el jabón acumulado es removido a través de un centrifugado. Los jabones residuales son removidos por medio de lavados con agua caliente. El aceite de algodón también puede ser refinado mediante un proceso denominado refinamiento por miscela. Este proceso permite que el aceite sea refinado en el estado de miscela en la planta de extracción por solvente, previo a la remoción del solvente. El aceite producido utilizando este método rinde más y algunos expertos consideran que tiene un color más claro, más deseable.

Blanqueo

- Durante el proceso de blanqueo, trazas de metales, partículas coloridas tales como la clorofila, jabones y productos de la oxidación son removidos utilizando arcillas decolarantes, las que adsorben las impurezas. Los aceites descolorados casi no tienen color y tienen un valor de peróxido cercano a cero. Dependiendo del tipo de producto deseado, los aceites son sometidos a un tratamiento u otro.

Fraccionamiento

- Los aceites destinados a ser utilizados en las ensaladas, o los que van a ser almacenados en lugares fríos son sometidos a un proceso denominado "winterization", de manera que no se tornen turbios cuando son enfriados. Este término de winterización se debe a que se utilizan bajas temperaturas para cristalizar los diferentes triglicéridos presentes en el aceite. Los aceites refinados y desodorizados son enfriados con una agitación muy suave que causa la precipitación de las partículas que son más fáciles de derretirse. La fracción que es separada se denomina estearina. El aceite de soja no requiere este tratamiento pero los aceites de canola, maíz, girasol, cártamo, aceite de algodón y maní sí deben ser fraccionados para mantenerlos claros a bajas temperaturas.

Hidrogenación

- Cuando se hace el tratamiento de grasas y aceites utilizando el hidrógeno en presencia de un catalizador se obtiene como resultado la adición de hidrógeno a los enlaces dobles carbono-carbono. La hidrogenación produce aceites con sensación bucal, estabilidad, punto de fusión y cualidades de lubricación necesarias para satisfacer las necesidades de muchos fabricantes. Es importante, sin embargo, hacer notar que la hidrogenación es un proceso selectivo que puede ser controlado de tal manera que se produzcan diferentes niveles de endurecimiento, que varían desde los más líquidos hasta los casi sólidos.

Desodorización

- La desodorización es un proceso de destilación a vapor que se lleva a cabo al vacío y permite remover las sustancias volátiles que se encuentran en el aceite. Este proceso se puede realizar de manera continua o por lotes. El resultado final es un aceite suave con un nivel bajo de ácidos grasos libres y un valor de peróxido cero. Este paso también remueve las trazas de pesticida o de metabolitos que pudieran estar presentes, los cuales son más volátiles que los triglicéridos presentes en el aceite. 

Algunos fabricantes prefieren trabajar con aceite de algodón ya que éste puede ser desodorizado a temperaturas más bajas, lo que resulta en la retención de una mayor cantidad de tocoferoles (antioxidantes naturales). La de- sodorización produce uno de los productos alimenticios más puros que pueden ser ofrecidos a los consumidores. Pocos productos son tan limpios como el aceite refinado, blanqueado y desodorizado.

Interesterificación

- Este proceso permite que los ácidos grasos sean reacomodados o redistribuidos en la estructura del glicerol. Este proceso generalmente se logra por medio del uso de métodos catalíticos realizados a bajas temperaturas. El aceite es calentado, agitado y mezclado con el catalizador a una temperatura de 90°C. También existen métodos enzimáticos que pueden ser utilizados para realizar esta interesterificación. Este proceso no cambia el grado de saturación o el estado isomérico de los ácidos grasos, pero puede mejorar las propiedades funcionales del aceite.