Implementación de una metodología para la separación de proteomas de plasma humano mediante electroforesis bidimensional

Implementation of a methodology to separate human plasma proteomes by two-dimensional electrophoresis

En este trabajo se implementaron las condiciones para la separación de proteomas de plasma sanguíneo por electroforesis bidimensional. En muestras de plasma de infante y adulto se evaluaron dos sistemas de pretratamiento de la muestra para reducir el rango dinámico de las proteínas: inmunodepleción de proteínas abundantes y enriquecimiento de proteínas de baja abundancia. Los proteomas se separaron por electroforesis bidimensional y las imágenes se analizaron con el programa Melanie 7.0. Se encontró que ambos métodos de pretratamiento fueron reproducibles y permitieron ver las diferencias en los proteomas de infante y adulto, como muestran los análisis de componentes principales y de clasificación jerárquica tipo heatmap. El porcentaje de recuperación de proteínas fue mayor con la inmunodepleción en comparación con el enriquecimiento proteico. Estos resultados permitieron concluir que con la inmunodepleción, se tiene mayor control de las proteínas eliminadas y por tanto menor pérdida de información, lo que permite su aplicación en estudios exploratorios para la identificación de potenciales biomarcadores de enfermedad.

Introducción

El conjunto de proteínas expresado por un organismo, tejido o célula, es conocido como proteoma. Este proteoma es único y específico para cada estado biológico particular y su estudio permite un acercamiento a la(s) proteína(s) responsables del fenotipo de interés (1). La investigación proteómica se basa en la separación de las proteínas presentes en una muestra mediante técnicas de alta resolución, tales como electroforesis bidimensional en geles de poliacrilamida (2DE, por su nombre en inglés) (2) o cromatografía líquida de alta eficiencia (HPLC, por su nombre en inglés) (3), ambos acoplados a la identificación de proteínas mediante espectrometría de masas en tándem (MS/MS) (4).

Muchos factores relacionados con la toma, almacenamiento y procesamiento de la muestra, influyen en la calidad de los proteomas separados. Es bien sabido que la implementación de esta metodología requiere de personal experimentado para conseguir una alta reproducibilidad, garantizando de esta manera la confiabilidad de los resultados. Este tipo de estudios se puede realizar en muestras de tejido y en flui dos biológicos como la orina y derivados sanguíneos (2,5), lo que refleja el estado fisiopatológico de un organismo.