Selección de genes de referencia para análisis transcripcionales en el modelo clavel (Dianthus caryophyllus L.) - Fusarium oxysporum f. sp. dianthi

Selection of reference genes for transcriptional analysis in the pathosystem carnation (Dianthus caryophyllus L.) - Fusarium oxysporum f. sp. dianthi

En el presente trabajo se seleccionaron y validaron genes de referencia para estudios transcripcionales en el modelo clavel - Fusarium oxysporum f. sp. dianthi. Para ello, se seleccionaron genes asociados a procesos básicos celulares que han sido usados como genes de referencia en otros modelos planta-patógeno y se determinó el efecto de la inoculación del patógeno sobre su expresión. Se realizó un diseño de cebadores para los diferentes genes candidatos con el fin de verificar tanto su presencia en el genoma de claveles cultivados en Colombia, como su transcripción constitutiva en los diferentes tejidos por medio de la técnica de transcripción reversa y posterior reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR por sus siglas en ingles). Posteriormente, se evaluaron los niveles transcripcionales de los genes candidatos usando RT-qPCR en tallos y raíces de dos variedades con diferentes niveles de resistencia a la enfermedad, que fueron inoculados con este patógeno. La validación estadística realizada, usando ANOVA y los programas GeNorm y Normfinder, determinó que los genes codificantes para una histona H3 y el ARNr18S no presentan variación en sus niveles de expresión por efecto de la inoculación, permitiendo su uso como genes de referencia en estudios transcripcionales en esta interacción planta-patógeno.

Introducción

La floricultura es una de las actividades de mayor importancia económica en Colombia, nuestro país es el segundo productor de flor fresca cortada   a nivel mundial, superado solamente por Holanda. El cultivo del clavel (Dianthus caryophyllus L.) es una de las actividades de mayor impacto dentro del sector, considerando que detrás de las rosas, esta flor es el segundo producto con mayor demanda internacional [1]. Sin embargo, la producción de los claveles en Colombia se ha visto afectada por enfermedades de tipo parasitario, las cuales han impactado negativamente el sector disminuyendo la rentabilidad del cultivo de las empresas floricultoras. Dentro de estas enfermedades se destaca el marchitamiento vascular causado por Fusarium oxysporum f. sp. dianthi (Fod), en la cual este fitopatógeno, al obstruir de manera progresiva los haces vasculares de la planta, genera clorosis, marchitamiento de las hojas basales y posterior amarillamiento completo, provocando en muchos casos la muerte de la planta [2-4].

Actualmente, para el control de la enfermedad, se emplean estrategias de tipo químico y físico, las cuales, además de ser costosas y tener un impacto negativo en el ambiente, no son lo suficientemente eficientes. Por esta razón, es necesario estudiar nuevas alternativas que, además de ser compatibles con los sistemas de producción actuales, sean más eficientes  y no tengan un impacto negativo con los ecosistemas.