Modelamiento in silico de la liasa organomercurial (MerB) de Pseudomonas fluorescens

In silico modeling of Pseudomonas fluorescens organomercurial lyase (MerB)

El modelamiento in silico ha sido de gran contribución en los procesos proteómicos, desarrollando estructuras de las secuencias proteicas ya existentes, que por motivos de altos costos y las diferentes tecnologías necesarias para el desarrollo de estas metodologías, se encuentran deficientes en el número de modelamientos de proteínas disponibles. Entre aquellas secuencias con carencia de estructura proteica se encuentra la proteína liasa organomercurial (MerB) de Pseudomonas fluorescens, importante en la resistencia al mercurio. En el presente artículo se analizó tanto estructural como funcionalmente la proteína MerB en Pseudomonas fluorescens, utilizando la herramienta de la química estructural “modelamiento por homología” mediante plataformas bioinformáticas, con el fin de obtener un modelo que represente la estructura 3D más precisa y que capturen las mejores variantes estructurales entre todas las posibles conformaciones de las proteínas en la familia. En este trabajo, se desarrolló un método comparativo de la secuencia estudiada con las reportadas en las bases de datos para las proteínas MerB del género Pseudomonas. Se propone un modelo tridimensional para la enzima (MerB) en P. fluorescens, mediante el modelamiento por homología, se muestra la caracterización en la estructura secundaria, terciaria, la caracterización del dominio catalítico y los motivos estructurales presentes.

INTRODUCCIÓN

Desde hace 20.000-30.000 años A. de C., el mercurio ha sido un elemento incluido en la mano de obra del hombre [1], siendo la minería la más reconocida (exactamente en la extracción de oro a base de mercurio) y, a la vez, la actividad que más contaminación provoca por este metal. Por tanto, durante todo este tiempo ha surgido bioacumulación en su mayor reservorio (ríos, lagos y océanos), provocando afectaciones ambientales y en el ser humano [2]. La bioacumulación en los océanos es debida, por lo general, a las bacterias acuáticas anaeróbicas reductoras de sulfato, que transforman el mercurio elemental a metilmercurio por medio de la biometilación de este elemento [3], siendo el estado más contaminante del mercurio; aunque también puede ser transformado por actividades antropogénicas y ser, posteriormente, llevadas a las zonas acuáticas naturales. Afectando de manera directa a organismos acuáticos, y luego a las personas quienes basan su dieta principalmente de productos marinos [4].

En sintonía con la evolución del bienestar ambiental y humano, han surgido diferentes soluciones para este efecto adverso, como lo es la biorremediación, un mecanismo liderado por microorganismos y sus enzimas, para la degradación y transformación de contaminantes a otro estado de oxidación, el cual es menos tóxico para el medioambiente [5].