Aproximaciones computacionales para la identificación de promotores Eucariotas tipo II

Computational approaches for the identification of Eukaryotic type II promoters.

La identificación de segmentos funcionales dentro del DNA es uno de los campos más estudiados en la actualidad, debido a la generación de grandes volúmenes de información a partir de los proyectos genómicos, las predicciones computacionales han atraído la atención de la comunidad científica en general.

 En este marco la identificación de secuencias reguladoras se erige como un importante campo del análisis de genomas; sin embargo, dada la enorme complejidad del proceso de regulación de la transcripción aunque promisorios el problema de la predicción de las zonas reguladoras no se ha solucionado en su totalidad. 

Este artículo presenta una descripción de algunas aproximaciones desarrolladas para la identificación de promotores y sus elementos cis-reguladores, también se describen las estructuras de señales funcionales y estructurales que son diana de reconocimiento de algunos de estos programas de predicción aplicados al gen que codifica para la subunidad NR1 del receptor de glutamato sensible a N-metil-D-aspartato (iGluRNMDA) el cual ha sido objeto de estudio desde la década de los noventa.

INTRODUCCIÓN

La identificación de elementos reguladores es hoy uno de los problemas más relevantes en los estudios de biología molecular. En los últimos años grandes avances se han hecho desde el campo experimental, esto ha permitido el acercamiento a muchos de los aspectos de la regulación de la transcripción. Además dada la importancia actual de los métodos computacionales en el análisis de datos de biosecuencias, se han desarrollado variadas aproximaciones, in silico, para detectar motivos reguladores dentro de diferentes genomas, como herramienta para identificar genes, en grupos de genes co-regulados, y genes ortólogos entre otros.

Si bien algunos algoritmos son promisorios, las aproximaciones computacionales para la identificación de promotores se encuentran en su infancia debido a las siguientes razones entre otras:

• Si bien experimentalmente en los últimos años se ha avanzado, eventos tales como el control del inicio de la transcripción no están totalmente comprendidos. (Fickett y Hatzigeorgiou, 1997).
• La carencia de definición estructural de las regiones promotoras, la cual tan sólo se encuentra definida a nivel funcional. (Rombauts et al., 2003).
  
• Carencia de aproximaciones que contemplen todos los niveles (por lo menos la mayoría) de complejidad estructural y funcional de las secuencias promotoras. (Glazko et al., 1998).