Complete Colombian Caribbean loggerhead turtle mitochondrial genome: tRNA structure analysis and revisited marine turtle phylogeny

Genoma mitocondrial completo de la tortuga boba del Caribe colombiano: análisis de la estructura del ARNt y revisión de la filogenia de la tortuga marina

La tortuga boba marina, Caretta caretta, es una especie ampliamente distribuida y en peligro de extinción que enfrenta un declive crítico de la población, especialmente en las colonias del Caribe colombiano. Los datos de la secuencia de ADN mitocondrial son de gran importancia para la descripción, monitoreo y análisis filogenéticos de las poblaciones de tortugas migratorias. En este estudio, se secuenció y analizó el primer genoma mitocondrial completo de una tortuga boba que anida en el Caribe colombiano. Este genoma mitocondrial consta de 16 362 pb con una composición de nucleótidos de T: 25,7%, C: 27%, A: 35% y G: 12%. La anotación de la secuencia de la molécula ensamblada reveló una organización y un número de unidades codificantes y funcionales como se informó para otros mitogenomas de vertebrados. Esta tortuga boba colombiana (Cc-AO-C) mostró un nuevo haplotipo D-Loop que consta de trece nuevos sitios variables, que comparten una identidad de secuencia del 99,2% con la tortuga boba del Caribe CC-A1 D-Loophaplotype previamente reportada. Los 13 genes que codifican proteínas en el mitogenoma Cc-AO-C se compararon y alinearon con los de otras cuatro tortugas bobas de diferentes lugares (Florida, Grecia, Perú y Hawai). Once de estos genes presentaron niveles moderados de diversidad genética, y los genes COII y ND5 mostraron la mayor diversidad, con números promedio de diferencias por pares de 16.6 y 25, respectivamente. Además, se llevó a cabo el primer enfoque relacionado con el análisis de estructura 2D y 3D de t-RNA en este mitogenoma, lo que condujo a características únicas observadas en dos tRNA (tRNA^Trp y tRNA^Leu). Se revisó la filogenia de las tortugas marinas con los datos recién generados. Todo el mitogenoma proporcionó datos filogenéticamente informativos, así como genes individuales ND5, ND4 y 16S. En conclusión, este estudio destaca la importancia de los datos completos del mitogenoma para revelar los procesos de flujo de genes en las poblaciones naturales de tortugas bobas, así como para comprender la historia evolutiva de las tortugas marinas.

INTRODUCCIÓN

Las tortugas marinas (superfamilia Chelonioidae) comprenden siete especies existentes agrupadas en dos familias: Cheloniidae, que incluye la tortuga plana (Natator depressus), la tortuga golfina (Lepidochelys olivacea), la tortuga de Kemp (Lepidochelys kempii), la tortuga boba (C. caretta), carey (Eretmochelys imbricata) y tortuga verde (Chelonia mydas) (Pritchard & Mortimer, 1999); y Dermochelyidae, que actualmente comprende una sola especie, la tortuga laúd (Dermochelys coriacea).